海洋環境監測的大部分內容都是提前設計好的，所以每天的工作也往往是按部就班。不過在監測標準當中，也有一些應急的預案，尤其是發生突發災害的時候，就需要啟動應急監測的措施，這樣才能更好地觀察災害的變化，也能更好地完成治理工作。

很多海洋災害也都是在常規海洋環境監測的過程的過程當中發現的，比如在對海水水質進行觀測的時候，通過對海水當中浮游生物含量的測定，就能預先發現赤潮的跡象，并且發出預警。而當赤潮發生到一定規模之后，還需要安排更嚴密的監測措施。比如通過出海的方式近距離取樣觀測，但要避免因為觀測活動本身對樣本造成破壞，在觀測船距離災害發生點比較近的時候，應該及時停止，并且采用更穩妥的方式來取樣和檢測。

除了生態災害之外，海洋環境檢測針對其他災害也有應急措施。比如偶爾會有貨輪在海上發生泄漏或者傾覆的情況，如果船上貨物為重污染的原油或者工業品，就會對海水的水質以及海域的生態環境造成重大影響，也應該及時進行更嚴格的監測。針對災害的具體情況來制定相應的檢測措施，比如檢測的選擇，檢測頻率的安排還有檢測方法的制定。尤其需要注意的就是取樣的環節，因為在海上取樣的時候，樣本可能會受到很多因素的影響，例如絞車和纜索，還有海水的擾動。需要根據經驗進行預估，盡量采用更安全的方式。如果存在容易隨時間發生變化的指標，還需要盡快安排化驗。

海洋環境監測所包含的內容很多，尤其在多年的監測經驗當中，也積累了很多應急方面的經驗。這樣在出現突發災害的時候，也就能夠充分發揮監測方面的能力，為救災做出理論指導。